Сюжет берёт начало с того момента Чистого неба, когда Стрелок смог оторваться от Шрама, двигаясь через Выжигатель. Он связывается с Доктором, который в это время поджидал его у заветного места, чтобы обсудить и реализовать дальнейший план похода. Мы снова пройдём через Припять, неизведанные части станции, увидим пугающие и страшные явления Зоны, испытаем экшн, хардкор и в то же время отчуждённость и одиночество. Своего рода предыстория заканчивается на том же моменте, что и в прошлой части, а дальше...
Основная сюжетная линия крайне точно отражает название части - Другая реальность. Каждый бывалый игрок знает, как начинался сюжет ТЧ, как в результате случайных совпадений мы выживаем, оказываемся на Кордоне и дальше выполняем задания на надоедливого торговца, ищем Стрелка и в конце концов всё узнаём. Но никто никогда не задумывался - а что, если бы всё произошло не так? Что, если главный герой не оказывается сначала на Кордоне? Что, если ему не достаётся задание убить самого себя, а убить Стрелка должен кто-то другой? Суть игры в корне меняется, а что из этого вытекает - неизвестно. Основное расследование игры теперь построено иначе, однако сохранились и некоторые основные оригинальные квесты.
Кроме сильно изменённой оригинальной сюжетной линии интегрировано несколько мини-сюжетов со своими квестами и расследованиями:
- Поиск артефакта "Ведьмин студень".
- Война с бандитами.
- Работа на торговца по кличке Баркас.
- Тайна наёмников.
Некоторые сюжетные линии переплетаются друг с другом.

- Добавлена и заселена локация Мёртвый город. Основная цель - приблизить атмосферу локации к её названию. Вы встретите тёмный, мрачный, страшный город, со своими жителями и опасностями. Что выжить, одного умения стрелять может быть недостаточно. Также на локацию добавлено несколько уникальных нычек и комбезов, так что любителям поиска хорошего хабара будет чем заняться. С локацией связано несколько сюжетных квестов.
- Добавлена локация Тёмная лощина. Мрачное, страшное место, убежище многих малоизвестных группировок. Назначение локации будет не как в билдах - гулять придётся без транспорта.

Погода.
- Переделана мрачная и облачная погода, добавлены новые скайбоксы.
- Исправлены все баги, связанные с погодой: туман в лабораториях, сбой таймера из-за которого происходило такое явление, как вечная ночь.
- Уменьшена доля дождливой погоды. Дождя уже практически нет, на текстурах лёгкий иней.
- Заменена почти вся амбиент озвучка. Вырезано 100500 мегабайт лишних на мой взгляд звуков, переработан существующий амбиент.
- Выключены грозы. Поздней осенью их в принципе не бывает.
- Исправлены все текстуры амбиента в соответствии с цветом неба. Устранены режущие глаза пересветы. В прошлой версии можно было встретить такую неприятную картину - тёмное небо и светлое окружение. В этой части подобный недочёт исправлен.
- Заменены некачественные текстуры неба с пиксельными шумами РГБ.

Текстуры.
- Заменены половина текстур коры деревьев на более удачные аналоги. И текстуры камней в том числе.
- Заменены текстуры земли, подправлен террайн на каждой из локаций на более холодный и естественный цвет земли, ближе к серому.
- Заменены текстуры лиственного покрова. Теперь это не сплошное непонятное мессиво, а вполне реалистичная, чёткая текстура опавшей листвы.
- Улучшены текстуры иконок. Направление - ближе к оригинальному стилю.
- Заменены неудачные текстуры веток деревьев на более реалистичные.
- Отредактированы текстуры травы под ещё более естественный цвет, плюс добавлен слабый эффект инея.
В общем, главной моей целью было довести графику до атмосферного совершенства. Насколько мне это удалось - решать вам.

- Бинарная трансмутация артефактов - образование из двух артефактов одного в результате реакции соединения, происходящей при определённых условиях. Опыты трансмутации проводят только учёные, так как многие условия, которые требует реакция, невозможны в естественной среде. Бинарные трансмутанты являются искусственными образованиями. Их продажа вам не принесёт выгоды. Поэтому их основное предназначение - это ношение на поясе. Далеко не все артефакты могут участвовать реакции. Более подробная информация об этом явлении предоставлена собственно в игре.
- Добавлен новый редчайший погодный эффект (сюрприз).
- Интергирован рюкзак для создания собственной нычки. Скрипт написан с нуля, не взят из АМК.
- Отключён свет в лабораториях. Почему он присутствовал в оригинале, откуда бралось электропитание - вопрос. Теперь вас спасёт только фонарик или хороший прибор ночного видения. Лаборатории дополнительно заселены монстрами.
- Добавлено 7 совершенно новых артефактов со своими свойствами и особенностями. (модели взяты из SAP)
- Теперь можно брать некоторые типы не очень больших канистр и переносить их в рюкзаке.
- Крайне изменён баланс игры. Основное направление - это реализм и усложнение, отчуждённость, выживание и иногда хардкор. Теперь хорошо заработать можно только на артефактах, которые встречаются в 2 раза реже, чем в оригинале. Лично от себя скажу - это первый мод, где мне пришлось покупать аптечки. Увеличен респавн монстров, уменьшен респавн сталкеров, полностью откорректирован ценовой баланс, торговля.
- Полностью изменено содержимое оригинальных тайников.
- У сталкеров теперь можно найти: части монстров, детекторы, гитару, гармошку, пда. Соотвественно на лут влияет принадлежность к группировке, сложность игры и локация, где вы обыскиваете. (естественно, коготь химеры или руку псевдогиганта на Кордоне вы не найдёте).
- Добавлено несколько уникальных модификаций оригинального оружия. Некоторые розданы неписям.
- Теперь аптечки используются дважды. Сначала - обычная, а потом то, что осталось после первого приёма. (как в SGM)
- На игровые локации добавлено ещё 109 аномалий.
- Добавлен радиопротектор, как в ЗП.
- Новая система сна. Сон происходит в специально предназначенных для этого зонах, с использованием спального мешка. Зоны отмечаются на карте при заходе на локацию, и соответственно удаляются при уходе с неё. Нельзя спать во время выброса, при дозе радиации и низком состоянии здоровья.
- Система трёхразового сухпайка.

- Добавлено 5 новых видов оружия: АК, ПКМ, АК-101, П90, ТТ-33 и патроны соответственно. Оружие полностью внедрено в игру - в тайники, в торговлю, в общем, выступает в качестве дополнения оригинальных стволов. Я сам противник огромного количества ненужного оружия, поэтому не стал включать больше.
- Замена моделей и анимаций почти всех стволов на правозатворные, улучшенный ТТС, настроенные параметры в сторону усложнения и реалистичности.
- Восстановлены вырезанные мутанты. Соотвественно с умом расселены по локациям. Всем монстрам добавлены части.
- Добавлены 8 новых комбенизонов: экзоскелеты и научные бронники Свободы, Долга, Монолита и Наёмников, а также бандитский плащ.
- Новые анимации, звуки и текстуры для всего оружия. Всё было сделано для комфортной и в то же время реалистичной стрельбы.
- Снятие денег с трупов, выброс. (без этого никуда)
- Часы на худе. (только на мониторах 16х10)
- Теперь состояние оружия у НПС зависит от группировки и от ранга. У военных и наёмников самое лучшее, у зомби, разумеется, наоборот. У мастеров группировок оружие почти всегда в отличном состоянии, у новичков соответственно хуже.
- Добавлены новые виды мутантов.
- Ремонт оружия и брони.
- Рэгдолл.
- Перевооружение всех группировок.
- Добавлен респавнер артефактов. Теперь артефакты спавнятся по игровому таймеру, рандомно, рядом со своими зонами, а не невесть где.
- Часы на худ. (4:3)
- Постэффект критического ранения (выкидывание оружия при сильном ранении, небольшое шатание).
- Рандомные награды за некоторые квесты, возможность выбора наград.
- Уменьшение состояния снаряжения в начале игры (как в ЗП).
- Переозвучка оригинальных звуков, НПС, амбиента.
- Замена некоторых оригинальных стволов на другие.
- Изменение анимаций камеры при ударах, разные постэффекты при нахождении в аномальных зонах (как в ЗП).
- Изменены партиклы взрывов, выстрелов и т.д.
Ну и другие мелочи, которые не вошли в описание и не стоят особого внимания.